Národné Prírodné rezervácie (NPR)
1. NPR Havešová – nachádza sa v katastrálnom území Kalnej Roztoky a Stakčínskej Roztoky a má výmeru 171,32 ha. V nadmorskej výške 450-740 m sa zachovali pôvodné pralesovité bukové porasty s vtrúsenými drevinami, ako sú javor horský, brest horský a jaseň štíhly. Územie je významným hniezdnym biotopom vtákov viazaných na pralesovité porasty, ako sú sova dlhochvostá, holub plúžik a iné. NPR Havešová má veľký význam pre vedecký výskum pôvodných lesných spoločenstiev s využitím v lesnom hospodárstve. Vyhlásená v r.1964.
2. NPR Pľaša – má výmeru 110,80 ha. Nachádza sa v katastrálnom území Ruského. Pôvodné prirodzené lesné porasty buka s prímesou javora horského a jarabiny vtáčej zaberajú pohrebeňové svahy a okolie kóty Pľaša (1 162 m n.m.). Z východokarpatských druhov tu nájdeme rásť napr. čemericu purpurovú typickú pre toto územie. Vo vrcholových lúčnych spoločenstvách hniezdi ľabtuška vrchovská a v starých bútľavých stromoch bukových javorín muchárik bielokrký. Vysoká úživnosť spoločenstiev podmieňuje výskyt jelenej zveri. Hlavný chrbát je obľúbeným prechodom vlka a rysa. Vyhlásená v r.1967.
3. NPR Riaba skala (Jarabá skala, Rabia skala) - sa nachádza v katastrálnom území Zboja a Runiny a má výmeru 359,94 ha. Pôsobením geologických, geomorfologických, klimatických a biogeografických činiteľov v nadmorských výškach 1000 –1188 m sa vytvorili výnimočné prírodné podmienky na rozšírenie významných rastlinných a živočíšnych spoločenstiev. Pravdepodobne v postglaciálnom období sa odtrhol horský svah, vytvorila sa skalná stena s obnaženými čelami flyšových sedimentov, pieskovcov a ílovcov a na jej úpätí sa nahromadila obrovská balvanovitá sutina. Významnou súčasťou tohto územia sú horské lúky nad hornou hranicou lesa – poloniny. Vyhlásená v r.1964. Oreničova skala – dnes súčasť NPR Riaba skala Vznikla na ochranu ojedinelého skalného výtvoru vo flyšovej časti Východných Karpát (v území so zachovalými krajinárskymi a prírodnými hodnotami) na vedecko-výskumné, náučné a kultúrno-výchovné ciele. Celková výmera je 8,25 ha.
4. NPR Rožok – sa nachádza v katastrálnom území Uliča a Uličského Krivého s výmerou 67,15 ha. Zachovali sa tu pralesovité porasty buka s vtrúseným javorom horským. Rôznoveké, hrúbkové i výškové diferencované porasty sú v rôznych vývojových štádiách pralesa. Z vtákov tu hniezdi napríklad sova dlhochvostá. Pod hrebeňom je zvýšený výskyt nitrofilných druhov, najmä bažanky trvácej. Územie má mimoriadny význam pre zachovanie biogeocenóz kvôli komplexnému prírodovednému výskumu najmä pre potreby pestovania lesov. Vyhlásená v r.1965.
5. NPR Stinská – sa nachádza v katastrálnom území Zboja na výmere 90,78 ha. Leží v hrebeňovom a podhrebeňovom pásme vrchu Stinská (1 093 m n.m.). Chránené územie tvoria lesné komplexy a vrcholové lúky v jedľovo-bukovom a smrekovo-jedľovo-bukovom vegetačnom lesnom stupni. Medzi najznámejšie druhy rastlín chráneného územia patrí endemit Východné Karpát iskerník karpatský, ktorý rastie na Slovensku iba v tejto lokalite. Na území má veľký zoografický význam výskyt východokarpatských taxónov. Vyhlásená v r.1986.
6. NPR Stužica – nachádza sa v katastrálnom území Novej Sedlice a má výmeru 761,49 ha. Patrí medzi najvýznamnejšie chránené územia na celom Slovensku. Jej význam spočíva v zachovalosti pôvodných lesných porastov s pralesovitou štruktúrou n veľkej rozlohe, so značným výškovým rozpätím a členitým reliéfom na rozhraní Východných a Západných Karpát. Nachádzajú sa tu typické bučiny, jedliny, bukové javoriny a jaseňovité javoriny. V rezervácii trvale žije medveď, vlk a v poslednom období aj zubor hôrny. Vyhlásená v r.1965.
7. PR Pod Ruským (Lúky pod Ruským) – leží v katastri obce Ruské a na výmere 11,14 ha. Územie tvoria prirodzené lúčne spoločenstvá vlhkých podmáčaných lúk až mokradí na nive rieky Cirochy. Celkový charakter vegetácie udávajú vysoké byliny močiarnych a mokraďových spoločenstiev, ako sú pichliač potočný, čerkáč obyčajný a iné. Z východokarpatských druhov sa tu vyskytuje klinček bradatý nakopený. Mokré lúky, mokrade a slatiny sú biotopom mnohých ohrozených druhov vlhkomilného lúčneho hmyzu, obojživelníkov plazov, vtákov a cicavcov. Vyhlásená ako PR v r.1988, v r.2002 prekategorizovaná k NPR.